Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000:

• realizuje zadania z zakresu koordynacji funkcjonowania obszarów Natura 2000, zarządzania rezerwatami przyrody, ochrony gatunkowej roślin, grzybów i zwierząt, prowadzenia rejestru form ochrony przyrody, uzgadniania dokumentów planistycznych w zakresie ustaleń tych dokumentów mających wpływ na ochronę przyrody;

Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko:

• realizuje zadania z zakresu strategicznych ocen oddziaływania na środowisko, uzgadniania i wydawania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach, opiniowania dokumentów planistycznych, wydawania decyzji związanych z eksploatacją instalacji na terenach zamkniętych, zapobiegania szkodom w środowisku;

Wydział Organizacyjno–Finansowy:

• realizuje zadania związane z obsługą kadrową, płacową, administracyjną i informatyczną, koordynuje zadania związane z pozyskiwaniem środków zewnętrznych;

Główny Księgowy:

• realizuje zadania związane z obsługą księgową;

Radca Prawny:

• realizuje zadania związane z obsługą prawną;

Pełnomocnik ds. Ochrony Informacji Niejawnych:

• realizuje zadania związane z zapewnienie ochrony informacji niejawnych.

Struktura organizacyjna Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Opolu